1958年、東京都杉並区久我山に牧師、伝道者の養成を願って「聖書神学舎」が開校されました。創立者は、舟喜順一、羽鳥明、ドナルド・ホークの各師です。爾来、ただ主の恵みによって、また日本の諸教会の祈りとご支援のもとで、特定の教派・教団にかたよらない、真に超教派の神学校として、今日まで約600名の働き人を宣教の現場に送り出してきました。今も大半の卒業生は、全国各地で直接伝道にたずさわっており、海外での宣教に召されている働き人も少なくありません。
1959年には、東京都杉並区浜田山に土地建物を取得し、以後30年間浜田山校舎を中心に働きが継続しました。1982年に「聖書宣教会」の名称で宗教法人格を取得し、1989年に、現在の羽村市に新しい土地を取得し、新校舎に移転しました。
教会音楽教育は、「教会音楽指導者養成講座」を前身として、1980年から「教会音楽科」としてスタートしましたが、1993年から「教会音楽舎」となり、音楽の賜物をもって教会に仕える奉仕者の訓練に用いられて来ました。こうして宗教法人聖書宣教会には、聖書神学舎と教会音楽舎の二つの学び舎が教育活動をしていました。
2000年度に新たに「聖書神学舎シニアコース」が開設されましたが、2008年度から、教会の多様な働き人の育成を目指して「聖書神学舎聖書科」として再出発をし、それまで以上に聖書の学びに重点を置く神学教育になりました。
2003年度に教会音楽舎の働きは終了し、教会音楽教育は、聖書神学舎の働きの一環として「聖書神学舎教会音楽科」となり、さらに2010年度より聖書神学舎聖書科の中で「聖書神学舎聖書科・教会音楽専攻」 として2年課程のコース・専攻となりました。それに伴い従来の聖書神学舎聖書科を「聖書神学舎聖書科・聖書専攻」と改称して現在に至っています。